Cinq ans après un premier protocole de coopération, en 1995, et la création en 1997 de l'association des Présidents des Communautés du Pays de Brest, la collaboration entre les 6 communautés s'est traduite par la création de l'association des Communautés du Pays de Brest le 20 janvier 2000. La communauté de communes de l'Aulne Maritime, créée en décembre 2001, a rejoint le Pays de Brest dès juin 2002.
Les communautés ont décidé de se constituer en "Association des Communautés du Pays de Brest" dans le cadre de la loi d'orientation pour l'aménagement et le développement durable du territoire, du 25 juin 1999.
Aujourd'hui, la Région Bretagne compte 21 Pays.
